El enduro de competición se organiza en categorías según la cilindrada del motor, lo que permite que motos de distinto tamaño y potencia compitan en condiciones de igualdad relativa. Este sistema de categorías, establecido por la FIM y aplicado tanto en el Campeonato del Mundo como en la mayoría de campeonatos nacionales, garantiza que los pilotos compitan contra rivales con equipamiento equivalente.
La categoría E1 agrupa las motos de menor cilindrada: hasta 250 cc de cuatro tiempos o hasta 125 cc de dos tiempos. Son motos ágiles y ligeras, ideales para pilotos de menor peso o para terrenos muy técnicos donde la maniobrabilidad es más importante que la potencia bruta. La E2 es la categoría más popular: incluye motos de hasta 450 cc de cuatro tiempos o hasta 300 cc de dos tiempos, el rango donde se concentra la mayor oferta de modelos de competición de los fabricantes. La E3 o categoría abierta superior incluye las motos más potentes, con cilindradas que superan los límites de la E2.
La categoría Open no tiene límite de cilindrada y permite cualquier configuración técnica dentro de las normas de seguridad. Suele estar dominada por las motos de mayor cilindrada y es la más utilizada en pruebas nacionales o aficionadas. Además de estas categorías masculinas, el calendario del EnduroGP incluye una categoría específica femenina (EnduroWomen) y categorías Junior y Senior para distintos rangos de edad, lo que refleja la amplia base de praticantes que tiene el deporte a nivel mundial.