El sistema de penalizaciones del enduro es uno de los elementos más complejos y definitorios del deporte. A diferencia de otras disciplinas donde solo cuenta quien cruza la línea de meta antes, en el enduro los segundos de penalización pueden acumularse a lo largo de toda la jornada y decidir la clasificación final incluso entre pilotos que no compiten directamente entre sí en pista.
Las penalizaciones por tiempo son las más habituales. Cada minuto de diferencia entre la hora prevista y la hora real de llegada a un control de paso se traduce en un número fijo de segundos añadidos al tiempo total. El reglamento del EnduroGP establece penalizaciones diferenciadas según si el piloto llega tarde (penalización mayor) o temprano (penalización algo menor). Esta asimetría refleja que el adelanto implica haber ido demasiado deprisa en los tramos de enlace, lo cual no supone el mismo nivel de riesgo que el retraso, pero sigue siendo una infracción.
La prohibición de asistencia externa es otro pilar fundamental del reglamento. Salvo en las zonas de asistencia habilitadas por la organización, el piloto debe solucionar solo cualquier problema mecánico o de caída. Esta norma pone a prueba la autosuficiencia del piloto y es parte del espíritu original del enduro, que nació como una prueba de fiabilidad y resistencia. Las penalizaciones por asistencia ilegal pueden ser muy graves: desde un tiempo fijo añadido hasta la exclusión de la clasificación del día. Los comisarios y los jueces de ruta vigilan el cumplimiento de estas normas a lo largo de todo el recorrido.