La seguridad en el enduro es una prioridad absoluta del reglamento. A diferencia de los deportes de pista donde los riesgos están más controlados, el enduro discurre por terrenos naturales con riesgos variables: árboles, rocas, pendientes y agua hacen del equipamiento de protección un elemento crítico para la integridad física del piloto.
El casco es el elemento más importante del equipamiento. Debe ser de tipo integral o enduro, con mentonera rígida y visera, y estar homologado según las normas internacionales vigentes (ECE 22.06 en Europa o equivalente). El uso de gafas de protección (goggle) es prácticamente universal: protegen los ojos de la tierra, las ramas y los proyectiles que levanta la moto de delante. Las botas de enduro de caña alta son el segundo elemento imprescindible: deben cubrir el tobillo completamente y contar con protección en la punta, el talón y las espinillas. Las botas diseñadas específicamente para el enduro combinan rigidez estructural para la protección con cierta flexibilidad para facilitar el manejo a pie de la moto.
El peto con protecciones de pecho, espalda y hombros es altamente recomendado y obligatorio en muchas categorías del EnduroGP. Las rodilleras y coderas certificadas completan el equipo básico. Aunque el reglamento establece un mínimo, los pilotos profesionales van mucho más protegidos: combinan peto integral con airbag, rodilleras de carbono y protectores cervicales para minimizar el riesgo en las caídas más aparatosas. La evolución del equipamiento de seguridad en los últimos años ha sido enorme y ha reducido significativamente la gravedad de las lesiones en este deporte.