El sistema de control de tiempos es el corazón del reglamento del enduro y lo que lo distingue de otras disciplinas del motociclismo. Mientras que en el motocross o en el rally solo importa ser el más rápido, en el enduro el piloto también debe demostrar que sabe gestionar el ritmo exacto que le impone el recorrido.
Cada piloto lleva consigo una tarjeta de control desde el inicio de la prueba. Esta tarjeta es su documento de identidad durante toda la jornada: en cada control de paso, los jueces de ruta registran la hora de llegada del piloto. La organización establece de antemano los tiempos teóricos de llegada a cada control, calculados en función de la distancia y la velocidad media permitida en los tramos de enlace. El piloto debe ajustar su marcha para llegar al segundo exacto.
Las penalizaciones se acumulan de forma estricta: por cada minuto de retraso o adelanto en la llegada a un control, el reglamento aplica un número fijo de segundos de penalización. El piloto que supera el tiempo límite total de la prueba puede ser excluido. Este sistema obliga a los participantes a conocer a la perfección el funcionamiento de su hoja de ruta y a mantener la cabeza fría incluso en los momentos más exigentes del recorrido, convirtiendo el control del tiempo en una habilidad tan valorada como la velocidad pura.