Las penalizaciones en el karting siguen un sistema progresivo diseñado para mantener la competición justa y segura. Desde las infracciones más leves —un adelantamiento fuera de las normas o un exceso de velocidad en la zona de boxes— hasta las faltas más graves como comportamiento antideportivo o irregularidades técnicas, el reglamento prevé respuestas proporcionadas para cada tipo de infracción. La clave del sistema es que las penalizaciones sirvan como elemento disuasorio y corrector, no como factor que destruya irremediablemente el resultado de un piloto por un error menor.
El drive-through es la penalización más común en las carreras de mayor nivel. Obliga al piloto a entrar en el carril de boxes y recorrerlo sin detenerse, perdiendo entre 5 y 15 segundos según la longitud del pit lane. Se aplica por infracciones moderadas durante la carrera que no justifican una penalización mayor. El stop-and-go es más severo: el piloto debe parar completamente en boxes durante un número de segundos determinado —habitualmente 5 o 10 segundos— antes de poder salir de nuevo. En competiciones juveniles, muchas de estas penalizaciones se convierten en advertencias o en pérdida de posiciones en el resultado final, adaptadas a la categoría del piloto.
La descalificación es la sanción máxima y supone la eliminación del piloto del resultado oficial de esa sesión o del evento completo. Las causas más habituales de descalificación son las irregularidades técnicas detectadas en el pesaje o en la verificación del kart: motores fuera de especificación, neumáticos prohibidos, carrocerías modificadas o dimensiones del chasis incorrectas. La descalificación técnica suele ser definitiva y no se puede subsanar una vez producida, ya que implica que el piloto compitió con una ventaja irregular sobre sus rivales.