El sistema de penalizaciones de la Fórmula E sigue los estándares generales del automovilismo de la FIA, adaptados a las particularidades de la categoría eléctrica. Los comisarios de carrera —árbitros independientes que supervisan el cumplimiento del reglamento deportivo— tienen potestad para imponer sanciones durante la carrera y hasta varias horas después de que finalice, si es necesario investigar un incidente con más detalle del que permite el ritmo en tiempo real.
Las penalizaciones más comunes durante la carrera son el drive-through y el stop-and-go. El drive-through obliga al piloto a entrar al pit lane y recorrerlo sin detenerse, lo que implica una pérdida de tiempo significativa pero variable según el circuito. El stop-and-go es una penalización más severa: el piloto debe entrar a boxes y detenerse completamente durante un número de segundos determinado por los comisarios antes de poder salir de nuevo. Ambas sanciones deben cumplirse antes del final de la carrera; si no hay tiempo material para ello, se convierte en una penalización de tiempo añadida al resultado final.
Además de las penalizaciones clásicas, la Fórmula E tiene infracciones específicas de su reglamento. No activar el número mínimo de veces el Attack Mode es una falta técnico-deportiva que se sanciona con tiempo añadido. Superar los límites del circuito —algo especialmente vigilado en las calles urbanas donde hay pocas escapatorias— de forma repetida también conlleva advertencias progresivas que desembocan en penalización. La comunicación entre el equipo y el piloto a través del muro es clave para evitar errores que generen sanciones en momentos críticos de la carrera.